搅拌冷冻干燥是一种更快速且劳动强度更低的冷冻干燥过程，它允许在低温和低压下生产松散且自由流动的粉末，所有这些都在一个容器中；搅拌冷冻干燥的主要应用是在药剂学中，其中30％的所有抗生素，90％的大分子和50％的电解质以这种方式生产。
  
  搅拌运动使得材料 - 可以是液体，糊状或固体 - 转变成固体颗粒。颗粒尺寸和形状由机器的混合特性决定；一旦冷冻步骤完成，关闭干燥室并施加真空搅拌干化作业。
  
  使用在低温和低压下操作的常规真空干燥器的早期实验表明，可以在搅拌条件下使用冷冻干燥器。结果是无块状，自由流动的产品。由于产品的连续混合，搅拌冷冻干燥器也表现出更好的传热速率，这缩短了干燥过程。最后，简化了冷冻阶段，因为所有步骤都可以在单个处理单元中进行，而不必在冷冻单元，干燥室和破碎机之间运输填充有产品的托盘。这使得产品易于处理，特别是与传统的托盘干燥设备相比。